Lisäksi mitataan T4A ja T3A (tyroksiinin ja trijodotyroniinin autovasta-aineet). Näiden löytyminen viittaa autoimmuuniprosessiin, jonka seurauksena kilpirauhanen lopulta tuhoutuu ja lakkaa toimimasta. Tällaisia vasta-aineita löytyy kuitenkin myös terveiden koirien elimistöstä ja ne saattavat hävitä myöhemmin. Joidenkin tutkimusten mukaan 20% autovasta-ainepositiivisista koirista kehittää vajaatoiminnan. Näiden vasta-aineiden mittaaminen on tällä hetkellä kuitenkin ainoa keino jotenkin ennustaa koiran kilpirauhasen tulevaisuutta.

TSH:n määrä nousee näytteessä, jos elimistö ei ole tyytyväinen kilpirauhashormonin määrään. Valtaosalla hypotyreoottisista koirista TSH on noussut, mutta joidenkin tutkimusten mukaan jopa 40%:lla arvo pysyy normaalin rajoissa sairaillakin koirilla. Jos TSH on normaalin rajoissa, on kilpirauhanenkin yleensä terve.

Sairautena kilpirauhasen vajaatoiminta on monimuotoinen, yleensä hitaasti kehittyvä oireyhtymä, jossa muutoksia näkyy turkissa, temperamentissa, aineenvaihdunnassa, lisääntymisfysiologiassa, silmissä, lopulta sydämessäkin. Se voi myös olla osana autoimmuunitautien ryhmää, jossa samalla koiralla on muitakin ko. ryhmään kuuluvia sairauksia, kuten Addisonin tauti (lisämunuaiskuoren vajaatoiminta). Lisäksi kilpirauhanen reagoi elimistön muihin sairauksiin ja lääkkeisiinkin (esim. kortisoni, sulfat, epilepsialääkkeet, monet kipulääkkeet), siten että laboratoriotulokset saattavat viitata vajaatoimintaan, mutta arvot palautuvat kriisin mentyä ohi.

Tiedetään, että vinttikoirilla kilpirauhashormonien pitoisuudet ovat alhaisemmat kuin yleensä koirilla. Tämä vuoksi tulee tarkastella muita mitattuja arvoja (TSH ja nuorella koiralla autovasta-aineet), ennen kuin hylätään jalostussuunnitelmat.